1.抵扣进项不同：一般纳税人可以抵扣进项税额，小规模纳税人不得抵扣进项税额。
2.税率不同：一般纳税人使用的是税率，税率分别是13%、9%、6%以及0。小规模纳税人使用的是征收率，法定征收率3%；特殊征收率5%。
3.发展方向不同：小规模纳税人可以转为一般纳税人，一般纳税人不得转为小规模纳税人。
4.增值税计算方式不同：一般纳税人当期应交增值税税额=当期销项税额-当期进项税额，小规模纳税人当期应交增值税额=当期不含税销售额×征收率。
5.销售额控制不同：小规模纳税人连续12个月销售额不能超过最高额度，超过后应转为一般纳税人；一般纳税人的销售额没有限额。
6.开具增值税发票不同：部分小规模纳税人不能开具增值税专用发票或月销售额超过3万才能开具专票；一般纳税人可以开具增值税专用发票；